El Cerrado es uno de los ecosistemas más antiguos y ricos del planeta, en términos de formas de vida. La flora, la fauna y la cultura existentes hacen del Cerrado una de las regiones naturales más importantes a preservar para las generaciones futuras. Es posible conciliar la producción de alimentos con la conservación ambiental y sociocultural del Cerrado. Para ello, no se lo debe transformar legal ni ilegalmente, y se debe hacer uso de buenas prácticas que permitan la conservación o recuperación de suelos, pastos y aguas.

La principal amenaza para la supervivencia del Cerrado es el avance indiscriminado de la frontera agrícola. La conversión del Cerrado a monocultivos, especialmente de soja, es una de las principales amenazas para el socioecosistema. La pérdida de hábitat de las especies nativas, la contaminación del suelo y los conflictos con las poblaciones tradicionales se encuentran entre los principales desafíos para la conservación de este territorio.

El monocultivo forestal, especialmente de especies exóticas, es otra de las amenazas, ya que introduce pesticidas y degrada el paisaje y el ecosistema,​ ​perjudicando la permanencia de especies nativas de fauna y flora.

Después del Bosque Atlántico, el Cerrado es el ecosistema brasileño que más alteraciones sufrió debido a la ocupación humana. La ganadería extensiva de baja productividad es un factor clave en la degradación de la ecorregión, ya que es donde se concentra la mayor hacienda ganadera del país. Las quemas, método ampliamente utilizado para remover la vegetación original, intensifica la contaminación atmosférica, además de reducir los nutrientes del suelo, y aumenta el uso de pesticidas que contaminan el suelo, las aguas subterráneas y los ríos.

Incendios forestales, obras de infraestructura, principalmente Pequeñas Usinas Hidroeléctricas (PCHs), Usinas Hidroeléctricas (UHEs) y la demanda de carbón vegetal de árboles nativos para la siderurgia también ponen en riesgo al Cerrado.