O Cerrado é um dos ecossistemas mais antigos e ricos do planeta, em termos de formas de vida. A flora, a fauna e a cultura existentes fazem deste bioma uma das regiões naturais mais importantes a ser preservada para as gerações futuras. No entanto, é possível conciliar a produção de alimentos com a conservação ambiental e sociocultural do Cerrado. Para isso, ele não deve ser transformado legal ou ilegalmente, e devem ser utilizadas boas práticas que conservem ou recuperem solos, pastagens e água.

A principal ameaça à sobrevivência do Cerrado é o avanço indiscriminado da fronteira agrícola. Sua conversão em monoculturas, especialmente de soja, é uma das principais ameaças ao socioecossistema. A perda de hábitat das espécies autóctones, a contaminação dos solos e os conflitos com as populações tradicionais estão entre os principais desafios para a conservação desse território.

A monocultura florestal, especialmente de espécies exóticas, é outra ameaça, pois introduz agroquímicos e degrada a paisagem e o ecossistema, também prejudicando a sobrevivência de espécies nativas da fauna e da flora.

Depois da Mata Atlântica, o Cerrado é o ecossistema brasileiro que mais sofreu alterações devido à ocupação humana. A pecuária extensiva e de baixa produtividade é um dos principais fatores de degradação da ecorregião, já que é onde se concentram as maiores fazendas de gado do país. As queimadas, método muito utilizado para a retirada da vegetação original, intensificam a poluição atmosférica, além de reduzir os nutrientes da terra, e aumentam o uso de agroquímicos que contaminam o solo, os lençóis freáticos e os rios.

Incêndios florestais, obras de infraestrutura, principalmente Pequenas Centrais Hidrelétricas (PCH), Centrais Geradoras Hidrelétricas (CGH) e a demanda por carvão vegetal de árvores nativas para a indústria siderúrgica também são ameaças para esse bioma.