A pecuária pode coexistir, em pequena escala e sem relação com o desmatamento, legal ou ilegal, se for desenvolvida com a adaptação de práticas de eficiência produtiva, ou em sistemas agroflorestais ou de Integração Lavoura-Pecuária-Floresta. Além disso, deve considerar que a mão de obra seja local e remunerada de forma justa, respeitando os direitos territoriais dos povos e comunidades amazônicas. Por outro lado, o modelo sustentável, em comparação com os atuais, contribui para a redução dos impactos ambientais negativos, como as emissões de gases de efeito estufa (GEE) na atmosfera.

A pecuária insustentável cresceu rapidamente na Amazônia, estimulada por políticas governamentais e pela demanda do mercado. Como resultado, o desmatamento, associado a esse e a outros fatores, é um dos principais problemas socioambientais no Brasil e no mundo. Além do desmatamento, a destruição da Amazônia traz consigo o aumento de queimadas, de conflitos com povos indígenas e de grilagem de terras.

O desmatamento da floresta de maior biodiversidade do mundo para abrir espaço para agricultura, especialmente a monocultura da soja, é outra grande ameaça à região e tem aumentado exponencialmente. As lavouras impacatm a permanência das espécies de forma negativa, por meio da perda de hábitat e do uso intensivo de pesticidas. Esses produtos também contaminam o solo e a água. Por outro lado, a expansão das monoculturas também gera conflitos territoriais e violações dos direitos dos povos e populações tradicionais, bem como a extinção de espécies culturalmente relevantes na região.

A construção de obras de infraestrutura, como estradas mal planejadas que beneficiam apenas grandes produtores e usinas hidrelétricas, além de áreas de garimpo para a extração de minerais e ouro, especialmente as ilegais, ameaçam a vida de pessoas e espécies na floresta amazônica. Essas atividades causam poluição da água e do solo, conflitos e violação de direitos, provocam surtos de doenças, desconectam hábitats de espécies e dificultam, muitas vezes até impossibilitando, a manutenção do modo de vida das pessoas que habitam esses territórios.